Виктория-Нил
Участок от истока из северной оконечности озера Виктория до впадения в озеро Альберт носит название Виктория-Нил . Его длина около 420 км. Пересекая скалистые гряды по территории Уганды, река образует многочисленные пороги и водопады с общим падением 670 м. Наиболее крупный водопад Мерчисона достигает 40 м высоты. Река проходит через впадину озера Кьога и впадает в озеро Альберт на границе Уганды и Демократической республики Конго, лежащее в тектонической впадине на высоте 617 м.
Альберт-Нил
Участок между озером Альберт и устьем правого притока Ачва носит название Альберт-Нил. Река имеет равнинный характер течения до её вхождения в Судан через узкое ущелье Нимуле, где течение вновь становится бурным и порожистым.
Бахр-эль-Джебель
Ниже города Джуба, выйдя из пределов нагорья, река на протяжении 900 км пересекает обширную плоскую котловину, заболоченный район Сэдд (здесь её называют Бахр-эль-Джебель, «река гор»).
Заболачивание происходит из-за того, что огромные массы водорослей и папируса загромождают русло, русло распадается на ряд рукавов, скорость потока падает, и большая часть принесённых с гор вод разливается по поверхности, испаряется, расходуется водной растительностью. Островки водной растительности, именуемые сэддами, в высокую воду отрываются от илистого грунта и медленно плывут вниз по течению. Сталкиваясь и сливаясь друг с другом, они часто закупоривают русло и мешают судоходству.
Белый Нил
Ниже Собата река получает название Белый Нил (Бахр-эль-Абьяд), оставляет позади область болот, и далее спокойно течёт в широкой долине по полупустынной местности до Хартума, где сливается с Голубым Нилом. Отсюда и до Средиземного моря река именуется Нил (Эль-Бахр).
Голубой Нил
Голубой Нил значительно короче Белого, но в формировании режима Нила ниже Хартума он играет гораздо большую роль. Голубой Нил берёт начало с Абиссинского нагорья, вытекая из озера Тана. С этого же нагорья Нил получает свой последний многоводный приток — Атбару.