Сейчас в Ладожском озере и впадающих в него реках водится 58 видов и разновидностей рыб. Большинство видов обитает в озере постоянно, и только некоторые из них, например балтийский осетр, балтийский лосось, невская минога, морской угорь, временами заходят в Ладогу из Балтики и Финского залива. В прошлом в Ладожском озере встречалась стерлядь, теперь ее нет. За последние годы в озере появились и новые рыбы – сазан и пелядь. Сазан проник из озера Ильмень, куда его выпускали в 1952-1953гг., а пелядь – из озер Карельского перешейка, где ее разводят с 1958 г.
Из наиболее ценных промысловых рыб в Ладожском озере водятся лосось, форель, палия, сиги, ряпушка, рипус, судак и лещ. К менее ценным относятся ерш, окунь, плотва, щука, густера, уклея, синец, корюшка и др.
Местный озерный лосось – исключительно ценная рыба. Вес ее достигает 10 кг. С мая по сентябрь она идет на нерест в реки, больше всего в Свирь, Бурную, Видлицу и Тулему. Молодь лосося проводит 2-3 года в реках, а потом скатывается в озеро. Лучшие места лова лососевых находятся в северной части озера. Однако лов с 1960г. запрещен, так как стадо лосося восстанавливается очень медленно. Причина медленного возобновления – резкое ухудшение условий нереста; реки засорены лесосплавом, Вуокса загрязнена, на Бурной большой урон наносят браконьеры, Свирь перегорожена плотинами гидроэлектростанций.
На дне Ладожского озера обитает 385 видов беспозвоночных, стало быть, фауна эта довольно разнообразная. Больше всего видов в литорали (около 290). Гораздо меньше – в глубоководной части (около 80).