Крупнейшая река страны Иордан (длина 300 км), берущая начало в массиве Хермон, течет с севера на юг через Тивериадское озеро и впадает в Мертвое море. По реке проходит граница между Израилем, Палестинской автономией и Иорданией. Другие реки имеют малую протяженность и обычно пересыхают летом.
Пресное и богатое рыбой Тивериадское озеро – самое большое в стране и лежит на отметке 212 м ниже уровня моря. Другое уникальное озеро – Мертвое море (площадь – 1020 кв. км, ширина – 16 км). Из-за большого забора воды из р.Иордан на орошение и другие цели Мертвое море между 1972 и 1981 потеряло 20% своей площади и снизилось до 403 м ниже уровня моря в 1996.