Береговая линия Средиземного моря сильно изрезана, и многочисленные выступы суши расчленяют его на множество полуизолированных акваторий, имеющих собственные названия. К числу таких морей относятся: Лигурийское, расположенное к югу от Ривьеры и севернее Корсики; Тирренское море, заключенное между полуостровной Италией, Сицилией и Сардинией; Адриатическое море, омывающее берега Италии, Словении, Хорватии, Югославии и Албании; Ионическое море между Грецией и южной Италией; Критское море между островом Крит и полуостровной Грецией; Эгейское море между Турцией и Грецией. Выделяется также ряд крупных заливов, например Аликанте – у восточного побережья Испании; Лионский – у южного побережья Франции; Таранто – между двумя южными выступами Апеннинского п-ова; Анталья и Искендерун – у южного побережья Турции; Сидра – в центральной части побережья Ливии; Габес и Тунисский – соответственно у юго-восточного и северо-восточного берегов Туниса.
Современное Средиземное море является реликтом древнего океана Тетис, который был гораздо шире и простирался далеко на восток. Реликтами океана Тетис являются также Аральское, Каспийское, Черное и Мраморное моря, приуроченные к его наиболее глубоким впадинам. Вероятно, Тетис некогда был полностью окружен сушей, и между Северной Африкой и Пиренейским п-овом, в районе Гибралтарского пролива, существовал перешеек. Такой же сухопутный мост связывал юго-восточную Европу с Малой Азией. Не исключено, что проливы Босфор, Дарданеллы и Гибралтарский образовались на месте затопленных речных долин, а многие островные цепи, особенно в Эгейском море, соединялись с материком.